В период с 1 ноября 2012 года по 1 июля 2013 на «ВКонтакте» поступило 10205 жалоб, а на портал правительства — 2191 обращение. На третьем и четвертом местах по числу жалоб идут YouTube (998 обращений) и сайт президента России kremlin.ru (693 жалобы). Также в топ-10 попали LiveJournal, Google, «Яндекс» и другие площадки.
В Роскомнадзоре пояснили, что большинство жалоб на домен gov.ru относилось к ресурсу zapret-info.gov.ru, на котором размещен сам реестр запрещенных сайтов. Официальный представитель ведомства Владимир Пиков в интервью «Известиям» сказал, что жалобы на сайт реестра «были похожи на плоские шутки», а на сайт Кремля жаловались «всякие фрики». В связи с этими обращениями Роскомнадзор ничего не предпринимал..
По закону в «черный список» вносятся сайты, содержащие пропаганду суицида, инструкции по приобретению и употреблению наркотиков, детскую порнографию и информацию о детях, пострадавших от преступлений. Как отмечают «Известия», Роскомнадзор одобрил треть поступивших жалоб. Подавляющее большинство запрещенных страниц содержало пропаганду наркомании.
Функционирование реестра запрещенных сайтов вызывало критику интернет-сообщества как на этапе обсуждения соответствующего закона, так и в процессе работы «черного списка». В частности, в реестр неоднократно по ошибке вносились адреса крупнейших интернет-ресурсов. Кроме того, в него включались некоторые шутливые материалы, которые , по мнению Роспотребнадзора, проводящего соответствующую экспертизу, пропагандируют суицид. Например, на территории России запрещен рекламный ролик мельбурнского метрополитена «Dumb ways to die» («Глупые способы умереть»), направленный на предотвращение несчастных случаев на железной дороге. Этот ролик выиграл ряд международных фестивалей.